鸡胚腿肌发育过程中全基因组甲基化与转录组研究及差异MIRNA分子功能验证

本书利用整合多组学技术，深入探讨了旧院黑鸡胚胎期腿肌生长发育的分子机制，挖掘了不同发育时间点的差异甲基化基因、差异表达基因及差异表达miRNA,并进一步在细胞水平研究了受甲基化介导的关键基因和关键miRNA调控鸡骨骼肌卫星细胞增殖和凋亡的分子机制。旨在为全面解析优质地方鸡骨骼肌肌纤维发育调控机制提供参考资料，也为进一步提高优质地方鸡的生长发育速度提供理论依据。
本书适用于农学、畜牧学、动物医学等相关领域的科研人员、高校师生及家禽养殖从业者参考使用。

目 录
第1章 骨骼肌的发育过程

1.1 骨骼肌的组成与类型
1.2 骨骼肌的肌生成
1.3 影响骨骼肌肌生成的分子因素
1.3.1 肌肉发生的调控因子
1.3.2 影响体节肌生成的信号通路
1.3.3 影响骨骼肌形成和发育的信号通路
第2章 转录组测序概况

2.1 转录组及其研究方法
2.2 转录组测序技术在畜禽上的应用
2.3 Small RNA测序的概况
2.3.1 Small RNA的概念和调控机制
2.3.2 miRNA-seq技术在畜禽上的应用
2.3.3 影响骨骼肌发育的miRNA
第3章 DNA甲基化概况

3.1 表观遗传学与DNA甲基化
3.2 DNA甲基化在畜禽生产上的研究进展
3.3 DNA甲基化对骨骼肌发育的影响
3.4 DNA甲基化检测方法
3.4.1 全基因组重亚硫酸盐测序法
3.4.2 重亚硫酸盐简化测序法
3.4.3 甲基化DNA免疫共沉淀测序法

第4章旧院黑鸡胚胎期腿肌发育特点
4.1材料和方法

4.1.1主要试剂

4.1.2主要仪器

4.1.3主要生物学软件

4.1.4测定指标与方法

4.2结果与分析

4.2.1鸡胚发育过程中腿肌重和腿肌率指标的变化

4.2.2鸡胚发育过程中腿肌纤维形态的变化

4.2.3鸡胚发育过程中肌肉发育相关基因表达模式

4.3讨论

4.3.1鸡胚腿肌表型指标差异

4.3.2肌肉发育相关基因在鸡胚中的表达差异

4.4小结
第5章 旧院黑鸡胚胎期腿肌转录组研究
5.1材料和方法

5.1.1试验材料

5.1.2 主要试剂

5.1.3主要仪器

5.1.4常用生物学软件及数据库

5.1.5鸡胚胎性别鉴定

5.1.6 RNA-seq测序方法

5.1.7 miRNA测序方法

5.1.8实时荧光定量PCR验证测序结果

5.2结果与分析

5.2.1鸡胚性别鉴定结果

5.2.2 mRNA测序数据结果分析

5.2.3 miRNA测序数据结果分析

5.3讨论

5.3.1转录组测序数据质量分析

5.3.2差异表达基因的生物学功能分析

5.3.3 差异表达miRNA的生物学功能分析

5.4 小结
第6章 旧院黑鸡胚胎期腿肌全基因组甲基化研究
6.1 材料与方法

6.1.1 试验材料

6.1.2 主要试剂

6.1.3 主要仪器

6.1.4 常用生物学软件及数据库

6.1.5 全基因组甲基化测序方法

6.2 结果与分析

6.2.1 基因组DNA提取结果检测

6.2.2 全基因组甲基化测序数据的质量统计

6.2.3 全基因组甲基化C位点的鉴定及分布特征

6.2.4 全基因组甲基化水平及分布

6.2.5 差异甲基化分析

6.2.6 差异甲基化基因功能富集

6.3 讨论

6.3.1 全基因组甲基化测序质量控制与甲基化位点检测

6.3.2 全基因组甲基化分布6.3.3 差异甲基化基因的生物学功能分析

6.4 小结
第7章 全基因组甲基化与转录组的比较分析

7.1 材料与方法

7.1.1 试验材料

7.1.2 试验试剂

7.1.3 主要仪器

7.1.4 常用生物学软件及数据库

7.1.5 甲基化与转录组关联分析流程

7.1.6 数据分析软件

7.2 结果与分析
7.2.1 转录组和甲基化reads 密度分布

7.2.2基因不同区域甲基化水平与表达水平的关系

7.2.3转录组差异基因和差异甲基化相关基因韦恩图
7.2.4转录组差异基因和差异甲基化相关基因GO富集分析
7.2.5目的基因筛选
7.3讨论
7.3.1启动子区甲基化与转录组关联分析
7.3.2启动子区甲基化与基因转录水平呈负相关的关键基因
7.4小结
第8章miR-106-5p调控鸡骨骼肌卫星细胞增殖和凋亡的机制研究

8.1材料与方法

8.1.1试验材料

8.1.2试验试剂

8.1.3试验仪器

8.1.4主要试剂配制

8.1.5主要生物学软件

8.1.6鸡原代骨骼肌卫星细胞分离培养

8.1.7鸡原代骨骼肌卫星细胞传代转染

8.1.8细胞总RNA及总蛋白提取

8.1.9实时荧光定量PCR和Western blot

8.1.10 CCK-8细胞增殖检测

8.1.11流式细胞检测

8.1.12双荧光素酶试验

8.2结果与分析

8.2.1 miR-106-5p在鸡不同组织中的表达情况
8.2.2 miR-106-5p过表达和干扰载体转染效率检测
8.2.3 干扰miR-106-5p对鸡骨骼肌卫星细胞增殖和凋亡的影响
8.2.4过表达miR-106-5p对鸡骨骼肌卫星细胞增殖和凋亡的影响
8.2.5 miRNA与CFL2基因靶向关系验证
8.2.6 CFL2基因在鸡不同组织中的表达情况
8.2.7 CFL2干扰载体转染效率检测

8.2.8干扰CFL2对鸡骨骼肌卫星细胞增殖和凋亡的影响
8.2.9骨骼肌卫星细胞中CFL2干扰后RNA-seq分析

8.3讨论
8.3.1 miR-106-5p和CFL2基因在鸡不同组织中的差异表达分析
8.3.2 miR-106-5p和CFL2基因对细胞增殖的影响
8.3.3 miR-106-5p和CFL2基因对细胞凋亡的影响
8.3.4转录组分析
8.4 小结

参考文献